부동산을 법인 명의로 보유하면 세금 문제가 단순해질 것이라고 생각하기 쉽습니다. 개인이 직접 부동산을 보유하는 대신 법인이 부동산을 보유하고, 이후에는 부동산 자체가 아니라 법인의 주식을 이전하면 세부담을 줄일 수 있다고 기대하기도 합니다. 그러나 세법은 부동산을 법인 안에 넣어 두었다고 해서 그 경제적 실질이 사라진 것으로 보지 않습니다.
부동산을 많이 보유한 법인은 거래 단계마다 다른 세무 쟁점이 발생합니다. 법인 주식을 양도할 때는 그 주식 양도가 사실상 부동산 이전과 같은 효과를 갖는지 봅니다. 주식을 취득해 과점주주가 될 때는 법인이 보유한 부동산을 지배하게 되었는지 봅니다. 법인이 직접 부동산을 취득·보유·처분할 때는 취득세, 종합부동산세, 법인세 추가과세 문제가 각각 검토됩니다. 상속·증여나 특수관계자 거래에서는 부동산 보유비율이 비상장주식 평가에도 영향을 줄 수 있습니다.
따라서 실무에서 말하는 “부동산과다보유법인”은 하나의 단일한 세법 개념이라기보다 소득세법, 지방세법, 법인세법, 종합부동산세법, 상속세 및 증여세법에서 각기 다른 방식으로 작동하는 규제의 묶음에 가깝습니다. 핵심은 부동산 비율이 몇 퍼센트인지가 아니라, 어느 세목에서 어떤 거래 단계의 요건을 충족하는지입니다.
먼저 주식 양도 단계에서는 부동산을 많이 보유한 법인의 주식이 일반 주식이 아니라 소득세법상 기타자산으로 분류될 수 있습니다. 이 경우 주식 양도이지만 세법은 그 실질을 부동산 이전과 유사하게 보아 일반 주식 양도와 다른 방식으로 과세합니다. 다만 부동산 보유비율만으로 곧바로 기타자산 과세가 되는 것은 아닙니다. 부동산등 자산비율, 과점주주 지분율, 일정 기간 내 주식 양도비율을 함께 판단해야 합니다. 이른바 50·50·50 요건이 충족되는지 확인해야 하며, 골프장·스키장·휴양시설업 등 특정 업종은 부동산 비율이 높을 경우 일부 주식 양도만으로도 기타자산 과세 문제가 발생할 수 있습니다.
매수자 입장에서는 과점주주 간주취득세도 중요합니다. 법인의 주식을 취득해 과점주주가 되면, 실제로 부동산을 직접 산 것은 아니더라도 지방세법상 법인이 보유한 취득세 과세대상 물건을 취득한 것으로 볼 수 있습니다. 과세표준은 법인 보유 과세대상 물건의 가액 중 과점주주 지분율 상당액을 기준으로 계산됩니다. 다만 법인 설립 시 발행주식을 취득해 과점주주가 된 경우에는 간주취득세가 부과되지 않고, 설립 이후 지분율이 증가하거나 최초로 과점주주가 되는 경우에 문제가 됩니다.
결국 부동산과다보유법인은 주식을 팔 때와 살 때 모두 세무 검토가 필요합니다. 주식 거래라는 형식만 볼 것이 아니라, 그 거래가 부동산의 이전이나 지배권 이전과 같은 경제적 효과를 갖는지 단계별로 확인해야 합니다. | 
