기계오믹스는 또 뭐죠? #Comparative Genomics 격주 목요일 오전 8시, 따끈따끈한 생물정보학 업계 소식이 당신을 찾아갑니다 |
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안녕하세요, 생정해요 편집부의 파랑새입니다.
새해가 밝았습니다. 모두 안녕하셨나요. 지금 미국에서는 CES를 비롯한 컨퍼런스가 한창입니다. 제가 살다가 가정용 원자로를 볼 날이 이렇게 빨리 올줄은 정말 몰랐습니다. 젠슨 황은 손바닥 위에 가정용 슈퍼컴퓨터를 올려두고, 온갖 AI 서비스가 우리의 일자리를 위협하고 있습니다. 저 또한 인공지능과 생물정보학을 연구하지만, 사회가 받아드릴 수 있는 기술의 발전 속도보다 아득히 먼저 나아가는게 아닌지 우려될 때가 많습니다. 25년은 격동의 한 해가 될 것만 같습니다. 먼 훗날, 25년이 좋은 기억으로 남길 바라며, 올해의 첫 뉴스레터 보내드립니다.
- 25년 1월 8일 연구실에서, 파랑새 |
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《Bioinformatics (IF: 6.93)》
논문명: IMPACT: Interpretable microbial phenotype analysis using microbial traits
발간날짜: 2024/12/10
저자: Daniel Mechtersheimer et al.
장내 미생물군은 건강과 질병에 있어 중요한 역할을 하지만, 미생물 데이터를 해석하고 기능적 특성을 연결 짓는 데에는 한계가 많았습니다. 특히, 미생물의 유전자 서열만으로는 특정한 질병 상태를 설명하거나 예측하기 어려운 경우가 많습니다. 이 논문은 IMPACT라는 프레임워크를 소개하며, 미생물의 표현형 특성을 활용해 질병 관련 미생물군의 역할을 더 명확히 해석하려는 접근법을 제안합니다. IMPACT는 표 형식 데이터를 이미지 형식으로 변환하고 딥러닝 기반의 주의(attention) 메커니즘을 통해 데이터를 분석하여, 미생물군 내에서 질병과 관련된 중요한 기능적 특성을 효과적으로 식별합니다. 이 프레임워크는 특히 다중 클래스 분류에서 높은 성능을 보여주며, 질병 상태에서 특정 미생물의 대사적 역할이나 기능을 더 잘 이해하는 데 기여할 수 있습니다.
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《Nature Communications (IF: 17.69)》
논문명: PIXANT: Predicting imputed multi-phenotypes for accelerated genomic studies
발간날짜: 2025/01/08
저자: Lin-Lin Gu et al.
유전체 연구에서 표현형 데이터는 유전자와 환경 간의 상호작용을 분석하는 데 필수적이지만, 대규모 데이터셋에서 결측값 처리는 중요한 과제입니다. 기존의 MICE, missForest, PHENIX와 같은 보간 방법은 속도와 메모리 사용에서 한계를 보였습니다. PIXANT는 혼합형 랜덤 포레스트 기반의 새로운 알고리즘으로, 유전체 데이터셋에서 빠르고 정확하게 다중 표현형 데이터를 보간할 수 있습니다. UK Biobank 데이터셋을 활용한 테스트에서는 기존 방법보다 18.4% 더 많은 유전적 연관성을 발견하며, GWAS(Genome-Wide Association Studies)와 같은 대규모 유전체 연구에서 활용 가능성을 입증했습니다. 이 방법은 특히 데이터 결측이 많은 대규모 연구에서 유용하며, 새로운 유전자-표현형 연관성을 발견하는 데 기여할 수 있습니다.
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《Scientific Reports (IF: 3.8)》
논문명: Deep learning-based encryption for medical images using DCGAN and virtual planet domain
발간날짜: 2025/01/06
저자: Manish Kumar et al.
의료 영상 데이터는 환자 프라이버시와 데이터 보호 측면에서 중요한 도전 과제를 안고 있습니다. 기존의 암호화 방법들은 계산 비용이 높거나 복잡성이 커서 실무에서 활용하기 어려운 경우가 많았습니다. 이 논문은 DCGAN(Deep Convolutional Generative Adversarial Network)과 Virtual Planet Domain(VPD)을 결합한 새로운 의료 영상 암호화 방법을 제안합니다. 이 모델은 원본 데이터를 미끼 이미지로 암호화하며, 원본 데이터를 복구하기 위한 키 공간을 생성해 데이터를 안전하게 보호합니다. 제안된 방법은 해커의 공격, 데이터 조작 및 노이즈에 강한 내성을 가지며, 의료 데이터 전송 및 저장 시 기존 알고리즘 대비 더 빠르고 효율적입니다. 이는 의료 분야에서 딥러닝을 활용한 데이터 보안의 새로운 가능성을 열어줍니다.
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'전기요금 체계에 연구개발용 신설 추진'
물리학자 출신 황정아 의원 (대전 유성을)을 대표로, 연구기관의 전기료 부담을 줄이는 법안을 발의했습니다 (전기사업법 일부개정안). 우니나라의 전기 요금체계는 주택, 교육, 산업, 농사등으로 구분되고, 그 중 농사용 전기요금은 생산 단가 미만의 매우 저렴한 가격의 요금인데요. 연구개발 지원을 위해 농사용 수준의 연구개발용 전기 요금을 신설하고자 합니다. 만약 해당 법안이 통과된다면 무엇보다도 머신러닝을 위해 HPC를 많이 구매하고 있는 업계에서는 큰 도움이 될 수 있을 것 같습니다. |
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'감염병 유행시 의료인 최장 6개월간 의무진료 가능캐하는 법안 발의'
김미애 의원 (부산 해운대을)은 감염병 유입시 혹은 유행이 우려될 경우, 의료인에게 장소와 기간을 정해 최대 6개월간 의무적으로 업무 수행을 가능하게 하는 법안이 발의되었습니다 (감염병예방법 전부개정안). 또한 국가가 중앙감염병전문병원을 설립하여 코로나19와 같은 상황이 다시 한번 발생시 국가가 통제할 수 있는 범위를 늘리는 것이 해당 법안의 주요 골자입니다. |
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'글로벌 제약바이오 컨퍼런스 13일 개최'
제약 및 바이오산업의 최대 투자 행사로, 투자은행 JP 모건이 주최하는 'JP 모건 헬스케어 컨퍼런스'가 오는 13일부터 4일간 미국 SF에서 개최됩니다. 초청을 받은 한국 기업은 삼성바이오로직스, 롯데바이오로직스, 셀트리온, 디앤디파마텍으로 CDMO 시장에서 두각을 보이는 기업들입니다. 하지만 초청받지 못한 기업들도 많이 참석하여 타 기업들과의 인적 교류가 이뤄질 것으로 생각하는데요. 어려운 K-바이오에 한줄기 힘이 되었으면 좋겠습니다. |
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온 세상이 오믹스
스탠포드 대학의 연구진이 주도한 이번 연구는 뼈의 미세 골절이 치유되는 과정을 이해하기 위해 mechanomics와 spatial omics를 활용한 새로운 접근법을 제시했습니다. 연구의 핵심은 뼈 치유 과정에서 기계적 자극과 유전자 발현 간의 상호작용을 정밀하게 분석하는 데 있었어요. 이를 통해 뼈 조직의 특정 부위에서 세포가 경험하는 물리적 환경과 이에 따른 분자적 반응을 통합적으로 이해할 수 있는 중요한 단서를 마련했습니다.
genomics와 proteomics에 이어, 생물학적 데이터의 활용 범위는 지속적으로 확장되고 있습니다. 특히 최근에는 omics 데이터의 세분화와 새로운 연구 분야가 활발히 등장하면서, 복잡한 생명현상을 더 정밀하게 이해할 수 있는 도구가 마련되고 있어요. 이번 연구에서 소개된 mechanomics는 세포가 받는 물리적 힘과 환경을 정량적으로 분석하는 학문으로, 기존의 유전자나 단백질 중심의 연구를 넘어서는 혁신적인 접근법을 제시합니다. 여기에 spatial omics는 조직 내 특정 위치에서 유전자 발현과 세포 간 상호작용을 지도화하는 기술로, 두 omics가 결합되면서 치유 과정의 다층적이고 세밀한 분석이 가능해졌습니다.
이번 연구에서는 micro-CT, spatial transcriptomics, 그리고 micro-FE analysis 기술이 결합되었습니다. 이를 통해 뼈의 특정 부위에서 발생하는 high strain과 low strain 영역을 세밀하게 매핑하고, 해당 환경에서 세포들이 어떻게 유전자 발현을 조절하는지 밝혀냈습니다. 특히, 이 과정에서 세포가 물리적 자극을 어떻게 분자적 신호로 변환해 치유를 촉진하는지를 확인한 점이 연구의 주요 성과 중 하나였어요.
이 연구는 뼈 치유의 기계적 환경이 세포 수준에서 생리학적 변화를 어떻게 유도하는지를 보여주는 최초의 사례 중 하나입니다. 연구진이 개발한 mechanomics 플랫폼은 세포와 조직 수준의 데이터를 통합해, 뼈 조직의 회복 과정을 분자적·물리적 관점에서 정교하게 설명할 수 있는 강력한 도구로 자리 잡았습니다. 이는 맞춤형 치료법 개발과 조직 공학 분야에서 새로운 가능성을 열어줍니다. 예를 들어, 특정 부위의 기계적 자극을 조절하여 치유를 가속화하거나, 개별 환자에 맞춘 치료 전략을 설계할 수 있는 길을 열었어요.
물론, 이번 연구가 제시한 혁신적인 기술에도 한계는 존재합니다. 데이터의 복잡성은 이러한 플랫폼의 주요 과제 중 하나로, 기계적 신호 외의 요인들이 유전자 발현에 미치는 영향을 완전히 배제하기 어렵습니다. 더불어, 세포와 조직에서 관찰된 결과가 인간에게도 동일하게 적용될 수 있는지 확인하려면 더 많은 검증 과정이 필요합니다. 특히, 실험 단계에서 나타난 높은 정확성과 효율성을 임상적 상황에서도 재현할 수 있을지에 대한 추가적인 연구가 요구돼요.
그럼에도 불구하고 이번 연구는 기계적 자극과 분자적 반응을 연결하는 새로운 방법론을 제시하며, 생물학 및 의학 연구에 중요한 전환점을 마련했습니다. mechanomics와 spatial omics가 결합된 이러한 접근법은 생체 내 다양한 치유 과정에 대한 이해를 심화시킬 뿐 아니라, 정밀 의학과 재생 의학의 발전에도 큰 기여를 할 것으로 기대됩니다.
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