부가가치세법 제52조 제4항에서는 양수자 대리납부제도를 두어, 양수자가 부가가치세를 바로 세무서에 납부하고 이를 매입세액으로 공제받을 수 있도록 하고 있습니다. 즉, 양수자가 양수대금의 10%에 해당하는 부가가치세를 양도자에게 지급하는 것이 아니라, 양수자 스스로 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 관할 세무서장에 납부하고 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 

부가가치세 대리납부 신고는 아래와 같은 절차로 진행됩니다.

1. 양수자(공급받는 자)는 부가가치세를 제외한 공급가액을 양도자에게 지급합니다.
   
2. 양도자(공급하는 자)는 양수자에게 부가가치세를 포함하여 세금계산서를 발급합니다.
3. 양수자는 그 대가를 지급하는 날이 속하는 다음 달 25일까지 대리납부 신고서(사업양수자용)를 작성하여 사업장 관할 세무서장에게 신고 및 납부해야 합니다. 이 때 양수자의 대리납부신고는 온라인상으로는 신고가 불가능하여 세무서에 직접 방문 후 신고 및 납부하시면 됩니다. 
4. 양도자는 부가가치세 확정신고 시 신고서상 ‘사업양수자가 대리납부한 세액(23)’란에 양수자가 대리납부한 부가가치세액을 차감 반영하여 신고합니다.
5. 양수자는 부가가치세 신고 후 납부한 세액을 환급 받을 수 있습니다.