1. 인건비
연구개발활동을 하고 있는 연구원의 인건비가 R&D 세액공제의 적용 대상이 된다. 가장 기본적인 비용이지만 몇 가지 염두에 둘 사항이 있다.
(1)전담요원
이 때 가장 주의할 점은 연구원이 연구개발활동을 ‘전담’ 해야 한다는 것이다. 만일 연구원이 연구개발활동 외에 다른 활동을 한 것이 밝혀질 경우에 해당 연구원의 인건비 전액이 세액공제 대상에서 배제되게 되는 큰 문제가 발생할 수 있다.
(2)4대보험 회사 부담분
단순하게 급여뿐만 아니라 4대보험의 회사 부담분 중 일부도 세액공제의 적용 대상이 된다. 회사가 부담한 4대보험 부담분 중 산재보험을 제외한 나머지 국민연금, 건강보험, 고용보험에 대한 부담분은 세액공제 적용 대상이다. 실무적으로는 각 연구원에 해당하는 부담분을 짧은 법인세 신고기간에 정확히 확인하는 것은 한계가 있어 미리 준비하거나, 법인세 신고기간 이후에 경정청구를 진행하는 방식이 보다 정확하고 문제 없이 세제혜택을 받는 방법이라고 판단된다.
(3)퇴직급여
퇴직금은 단순한 당해 비용이 아니라 누적된 근무기간에 대응하는 비용이므로 인건비에 포함되지 않는다. 다만, DC형 퇴직연금 불입액의 경우 2019년까지의 불입액은 인건비로 인정된다. 과거 논란이 되었으나 대법원 판결로 DC형 퇴직연금 불입액 역시 인건비에 포함되는 것으로 정리된 바 있다. 그러나 이후 법 개정으로 2020년부터의 퇴직연금 불입액은 R&D세액공제 대상 인건비에 포함되지 않는다.
2023년 3월 31일까지 2017년 법인세에 대한 경정청구가 가능하므로 현재 기준 2017~2019년 법인세에 대한 경정청구가 가능하다. 우리 회사가 2017~2019년에 R&D세액공제를 적용 받았는데 연구원들이 DC형 퇴직연금 가입자이며 법인세를 냈다면 경정청구의 가능성이 있으니 재검토해볼 가치가 있다. |